在音乐上,全剧的唱腔音乐根据清代乾隆五十七年(1792)成书的《纳书楹曲谱》整理改编,在遵循传统昆曲艺术的前提下,对南曲唱腔柔婉流丽有余而刚劲跌宕不足等特点进行了调整与丰富。剧中多次采用古琴、古筝、笙等乐器,创作出贴近情节人物、清新流畅、细腻隽永的音乐形式风格。在《百年巨匠》选取拍摄的100位大师中,有21位大师与清华大学有关。其中,拍摄完成的有吴冠中、曹禺、黄自、梁思成、茅以升、杨廷宝、马识途7位大师巨匠,拍摄中与待拍摄的有竺可桢、钱学森、钱三强、邓稼先、华罗庚、侯德榜、陈寅恪、钱钟书、林语堂、季羡林、蒋南翔、马约翰、张伯苓、张仃等14位名家巨擘。这些大师巨匠不仅熔铸了清华大学的精神底色,更折射了几千年来中华民族一脉相承的精神追求、精神特质、精神脉络。